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在基于16S?rRNA擴(kuò)增子的研究中，因為了解微生物群落功能的需要，我們經(jīng)常會(huì)使用一些軟件工具對(duì)16S?rRNA擴(kuò)增子數(shù)據(jù)進(jìn)行功能預(yù)測(cè)，比如PICRUSt2。這些功能預(yù)測(cè)的結(jié)果大多是基于KEGG數(shù)據(jù)庫，KEGG是一個(gè)整合了基因組、化學(xué)和系統(tǒng)功能信息的數(shù)據(jù)庫。預(yù)測(cè)得到的細(xì)菌群落功能豐度表，記錄了各樣本中所包含KO功能的豐度，?基于此預(yù)測(cè)結(jié)果，經(jīng)過預(yù)先設(shè)置的篩選閾值，比較了不同組菌群的KEGG?pathway，并篩選出不同分組間具有顯著性組間差異的?pathway。

使用方法：

Rscript??OTU_pathway.R??-path_file=??-map_file=???-case=?-control=??-adj.p=???-logfc=?

參數(shù)說明：

USAGE:

OTU_pathway.R?-path_file=-map_file=

???????-case=-control=-adj.p=-logfc=

PARAMETERS:

-path_file?The?KEGG?pathway?abundance?table?by?PICRUSt2,?input?tsv?table?format.

-map_file?the?sample?classification?labels?,the?first?column?is?sample?name?which?is?consistent?with?path_file?row?in?order,?the?second?column?is?the?classification?labels?with?named"group",input?txt?table?format.

-case?the?name?of?the?case,?Default?value?is?Tumor?,string.

-control?the?name?of?the?control,?Default?value?is?Normal?,string.

-adj.p?the?DEpath?threshold?padj,?Default?value?0.05,string.

-logfc?the?DEpath?threshold?logFC,?Default?value?1,string.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript??OTU_pathway.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對(duì)參數(shù)進(jìn)行設(shè)置。這里，必須輸入參數(shù)有6個(gè)，分別是-path_file，表示PICRUSt2軟件預(yù)測(cè)得到的細(xì)菌群落功能豐度表??map_file；表示樣本分類標(biāo)簽，第一列為樣本名稱，順序與path_file行名稱一致，第二列為分類標(biāo)簽，命名為“group”；?-case，病例名稱，默認(rèn)值為Tumor，需與map_file中的分組一致；?-control，對(duì)照名稱，默認(rèn)值為Normal，需與map_file中的分組一致；??-adj.p差異通路篩選閾值，建議閾值為0.05，可根據(jù)需要調(diào)整；?-logfc差異通路篩選閾值，建議閾值為1，可根據(jù)需要調(diào)整。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個(gè)程序即正式開始進(jìn)入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會(huì)給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會(huì)顯示”Program?execution?is?completed"?結(jié)束語。

流程圖：

結(jié)果展示：

1.?DEG?KO.xls

根據(jù)軟件設(shè)置閾值篩選得到的顯著差異KEGG，?logFC：差異倍數(shù)，logCPM：樣本平均的log2豐度值，P.Value：為差異分析p值，?FDR：差異分析矯正p值

2.?pathway?top10.pdf

按照FDR值排序，差異KEGG?top10氣泡圖，橫坐標(biāo)為logFC值，縱坐標(biāo)為通路名稱，顏色從藍(lán)到紅，越紅越顯著，節(jié)點(diǎn)大小為logCPM值。

特別說明：本代碼經(jīng)申請(qǐng)軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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寫在文末：

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