大家好，歡迎觀看《時空日報》第25期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計11篇。以下是應用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、克隆擴增的CD38hi細胞毒性CD8T細胞定義了檢查點抑制劑相關性關節(jié)炎中的T細胞浸潤

Clonally expanded CD38hi?cytotoxic CD8T cells define the T cell infiltrate in checkpoint inhibitor-associated arthritis

Science Immunology; IF: 24.800; DOI: 10.1126/sciimmunol.add1591

內容概要：通過scRNA-seq和抗原受體庫分析，比較由免疫檢查點抑制劑（Immune checkpoint inhibitor，ICI）治療引起的炎癥性關節(jié)炎（ICI-arthritis）患者與兩種典型的自身免疫性關節(jié)炎（類風濕關節(jié)炎、銀屑病關節(jié)炎）患者的T細胞，發(fā)現ICI治療直接靶向ICI-arthritis患者的CD8T細胞，并誘導一種與典型自發(fā)性自身免疫性關節(jié)炎不同的自身免疫病理。

2、人和小鼠肺單細胞參考構建的指導

Guided construction of single cell reference for human and mouse lung

Nature Communications; IF: 16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40173-5

內容概要：介紹了一種利用LungMAP CellCards作為字典，整合104個人類肺和17個小鼠肺單細胞轉錄組數據集構建LungMAP單細胞參考（CellRef）的計算流程。該參考定義了48種人類和40種小鼠肺細胞類型，并證明了其準確性和穩(wěn)定性。此外，該研究還開發(fā)了用戶友好的網絡界面，方便用戶訪問和利用LungMAP CellRefs。

3、scRNA-seq分析中障礙和零膨脹模型的全面評估

A comprehensive assessment of hurdle and zero-inflated models for single cell RNA-sequencing analysis

Briefings in Bioinformatics; IF: 9.500; DOI: 10.1093/bib/bbad272

內容概要：介紹了一種基于Python和TensorFlow深度學習框架的零膨脹負二項分布模型（zero-inflated negative binomial ，ZINB）求解器TensorZINB，其具有準確、高效、可擴展的特點，適用于scRNA-seq數據的處理和差異表達基因分析。

4、NLRRC: 聯合非負LRR和隨機游走圖正則化NMF的識別單細胞類型的新型聚類方法

NLRRC: a novel clustering method of jointing non-negative LRR and random walk graph regularized NMF for single-cell type identification

IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics; IF: 7.021; DOI: 10.1109/JBHI.2023.3299748

內容概要：提出了一種新的矩陣分解方法NLRRC（https://github.com/Marie888666/NLRRC），其在單細胞類型識別方面具有顯著優(yōu)勢。該方法通過非負LRR找到單細胞樣本的最低秩表示，以降低高維樣本分析的難度并捕獲樣本的全局信息。同時，通過使用隨機游走圖正則化和NMF，RWNMFC捕獲流形結構和聚類信息，生成聚類分配矩陣。

5、eQTL和GWAS的整合分析揭示擬南芥天然離子組變異的遺傳調控

Integration of eQTL and GWAS analysis uncovers a genetic regulation of natural ionomic variation in?Arabidopsis

Plant Cell Reports；IF: 6.200; DOI: 10.1007/s00299-023-03042-5

內容概要：利用scRNA-seq數據估計728個組織樣本的細胞類型豐度，并進行了cis-eQTL映射，識別了擬南芥中細胞類型相互作用的表達數量性狀位點（expression quantitative trait loci，cis-eQTLs(ci)）。同時，進行了999個接種體的全基因組關聯研究分析，確定了擬南芥葉片離子組變異的遺傳基礎，并為進一步研究控制擬南芥離子組遺傳變異的分子機制奠定了基礎。

6、軸型脊柱關節(jié)炎中精準醫(yī)學的新概念

Emerging concepts in precision medicine in axial spondyloarthritis

Current Rheumatology Reports; IF: 5.000; DOI: 10.1007/s11926-023-01113-w

內容概要：該綜述回顧了在軸型脊柱關節(jié)炎（xial spondyloarthritis，AxSpA）的精準醫(yī)學領域中出現的新概念和最新進展，包括多基因風險評分、Mendelian隨機化、藥物基因組學、單細胞測序和空間轉錄組學。當前的分子工具為AxSpA患者的精準醫(yī)學提供了令人興奮的機會，但在其在臨床上產生影響之前，仍需要進行廣泛的研究和實施策略。

7、Krüppel-like factor 9的缺失會破壞生理基因表達和發(fā)育

Loss of Krüppel-like factor 9 deregulates both physiological gene expression and development

Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-39453-3

內容概要：通過對斑馬魚胚胎在不同發(fā)育時間點的采樣進行bulk RNA-seq，結合已發(fā)表的斑馬魚發(fā)育單細胞圖譜，發(fā)現Klf9（Krüppel-like factor 9）基因突變會影響消化器官（肝臟、胰腺和腸道）的mRNA表達，并減少分化神經元和血液相關的mRNA表達。同時，klf9基因突變還會導致肝臟增大。

8、比較人類iPSC衍生和初代大鼠新生心肌細胞的信號和轉錄組圖譜

Comparing the signaling and transcriptome profiling landscapes of human iPSC-derived and primary rat neonatal cardiomyocytes

Scientific Reports; IF: 4.996; DOI: 10.1038/s41598-023-39525-4

內容概要：通過使用基因編碼的生物傳感器研究心臟G蛋白偶聯受體（G protein-coupled receptors，GPCR）介導的核蛋白激酶A和外周信號調節(jié)激酶1/2在兩種心肌細胞中的活性，結合單細胞分析方法，發(fā)現大鼠和人類心肌細胞的核PKA和ERK信號具有不同的響應簇。此外，RNA-seq揭示了GPCR、G蛋白和下游效應物表達水平的關鍵差異。該研究結果表明，人類干細胞衍生的心肌細胞模型在理解心臟細胞信號傳導方面具有獨特的優(yōu)勢。

9、肝細胞癌腫瘤內異質性的綜合分析及癌癥進展中APLP2的識別

Comprehensive intratumoral heterogeneity landscaping of liver hepatocellular carcinoma and discerning of?APLP2?in cancer progression

Environmental Toxicology; IF: 4.109; DOI: 10.1002/tox.23904

內容概要：采用scRNA-seq數據，通過聚類算法和差異表達基因分析，描繪了肝細胞癌（liver hepatocellular carcinoma，LIHC）的腫瘤異質性。通過細胞實驗，發(fā)現APLP2可以調節(jié)LIHC的細胞周期和凋亡，在LIHC的癌變過程中發(fā)揮積極作用。

10、評估scRNA-seq數據的填補方法

Evaluating imputation methods for single-cell RNA-seq data

BMC Bioinformatics; IF: 3.000; DOI: 10.1186/s12859-023-05417-7

內容概要：通過評估11種最新的填補方法在12個真實的免疫學研究數據集和4個模擬數據集上的表現，并基于數值恢復、細胞聚類和標記基因分析進行比較，發(fā)現不同的填補方法對不同的scRNA-seq數據集表現出不同的效果，提示填補方法可能具有數據集特異性。該研究揭示了各種填補方法的優(yōu)缺點，并為scRNA-seq數據分析提供了數據驅動的指導。

11、scRNA-seq鑒定與腦膜瘤臨床特征及腫瘤微環(huán)境相關的巨噬細胞特征

Single-cell RNA sequencing identifies macrophage signatures correlated with clinical features and tumour microenvironment in meningiomas

IET Systems Biology; IF: 2.300; DOI: 10.1049/syb2.12074

內容概要：使用scRNA-seq分析了腦膜瘤中巨噬細胞的特征，并鑒定了與腦膜瘤相關的巨噬細胞模塊基因。通過機器學習模型，發(fā)現13個模塊基因與腦膜瘤分級密切相關，并構建了一個高精度和穩(wěn)健的預測模型。該研究為了解腦膜瘤中巨噬細胞浸潤的分子特征提供了新見解，并揭示了巨噬細胞的分子特征與臨床特征和免疫細胞浸潤的相關性。

《時空日報》是華大時空基于時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot功能板塊，推出的聚焦于時空組學領域學術前沿的欄目。該欄目以實時、精準追蹤時空組學前沿為目標，共享最新時空知識，助力生命科學和臨床醫(yī)學發(fā)展。