看小果演示CIBETSORT、xcell兩種常用的R語言包
爾云間? 一個專門做科研的團隊
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腫瘤免疫微環(huán)境在腫瘤的反生、發(fā)展、轉(zhuǎn)移及預后過程中發(fā)揮著重要的作用，我們研究腫瘤免疫微環(huán)境是在分析腫瘤組織免疫細胞的種類及構(gòu)成比例。其研究方法分為實測法和推測法兩類。其中推測法通過表達譜推測免疫細胞的構(gòu)成，是腫瘤免疫微環(huán)境研究的重要方法，CIBETSORT、xcell是常用的兩種R語言包，小果下面就開始演示下這兩個包。
這里的CIBERSORT.R和LM22.CSV是自行準備的本地文件，小果給大家附在最后，express.txt是我們自己的表達譜文件
rm(list=ls());gc();
setwd("D:/rstudy/")
source('CIBERSORT.R')
LM22<-read.csv("LM22.CSV",header=T,check.names=F)
write.table(LM22,"LM22.txt",sep = "\t",row.names = T
result <- CIBERSORT('LM22.txt',"express.txt", perm = 100, QN = TRUE)
write.table(result, file="cibersort.csv", sep=",", row.names=T, quote=F)
2 ? xcell
rm(list = ls())
options( repos<- c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options("BioC_mirror"<- "https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options(stringsAsFactors = F)
Sys.setlocale("LC_ALL","English")
devtools::install_github('dviraran/xCell')
library(xCell)
express<-fread("express.CSV")
express<-as.data.frame(express)
rownames(express)<-express[,1]
express<-express[,-1]
class(express)
colname<-colnames(express)#保存行名
rowname<-rownames(express)#保存列名
express<-as.data.frame(lapply(express,as.numeric))#數(shù)據(jù)框轉(zhuǎn)換為數(shù)值型
colnames(express)<-colname
rownames(express)<-rowname
res<-xCellAnalysis(express)
res<-t(res)
write.table(res,"xcell.CSV",sep = ",",row.names = T)
這樣我們免疫評分就完成了。小伙伴們?nèi)绻惺裁磫栴}來找小果討論吧。
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