小白也能搞定的免疫浸潤樣本分類，你確定不看看？
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在腫瘤免疫治療中，免疫細(xì)胞的浸潤水平很重要。那么，和小果一起看看生信云上“免疫浸潤樣本分類”小工具吧。
數(shù)據(jù)集準(zhǔn)備
通過分析免疫浸潤的結(jié)果，可以將患者分為三類：免疫高、免疫中和免疫低。其中，免疫高的患者具有較高的 T 細(xì)胞、B 細(xì)胞和巨噬細(xì)胞等免疫細(xì)胞浸潤水平，可能對免疫治療產(chǎn)生更好的響應(yīng)。免疫中患者的免疫細(xì)胞浸潤水平較低，而免疫低患者的免疫細(xì)胞幾乎沒有浸潤。
因此，根據(jù)免疫浸潤定量結(jié)果將患者分為不同的類別，并針對不同類別設(shè)計相應(yīng)的治療方案，可以提高治療效果，避免不必要的毒副作用和經(jīng)濟負(fù)擔(dān)。
免疫浸潤分析中常用的軟件有CIBERSORT，TIMER，ssGSEA，ESTIMATE等等，我們的小工具按免疫浸潤定量結(jié)果給樣本分類，但是只需要上傳數(shù)據(jù)文件就可以啦，和小果一起看看生信云上“免疫浸潤樣本分類”小工具吧。
上傳數(shù)據(jù)
mmc2.csv（?TCGA里33種癌癥1萬多個樣本的免疫浸潤結(jié)果文件）
輸出結(jié)果
輸出結(jié)果包含了癌癥免疫基因表達(dá)特征的成對相關(guān)性的聚類分析、每個免疫簇的表達(dá)簽名的條形碼圖以及顯示集群差異的特征得分分布。
1. consensus.pdf顯示了聚類的結(jié)果，包括聚類簇數(shù)為2-6的結(jié)果以及對聚類結(jié)果的評估（圖為部分結(jié)果）
2.?每個免疫簇的表達(dá)簽名的條形碼圖及得顯示集群差異的特征得分分布（共5個文件）
3.不同聚類簇數(shù)的Class文件和Matrix文件，可用于后期作圖分析
例如，step01.k=2.consensusClass.csv文件包含了每個?樣本在k=2下的分類信息，其中第一列為樣本 ID，第二列為樣本的分類結(jié)果，為數(shù)字 1 或 2，表示該樣本被分為哪個分類。
step01.k=2.consensusMatrix.csv則包含了每個樣本被分到每個亞群中的概率值。
通過以上過程，1萬多個樣本就被成功分類了，可以根據(jù)自己的需求和結(jié)果來選擇分為幾類。
今天的介紹就到這里啦，請持續(xù)關(guān)注小果，我們下期見~
免疫浸潤樣本分類看這里：www.biocloudservice.com/310/310.php
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