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一區(qū)SCI論文底層邏輯大揭秘!

2023-01-08 00:45 作者:菜鳥(niǎo)博士_雜貨鋪  | 我要投稿

絕大部分研究生同學(xué),看到身邊的科研大神,成功發(fā)表10+或者一區(qū)的SCI,都會(huì)非常羨慕,隨之而來(lái)的是深深的疑惑?為啥別人課題可以發(fā)表10+的SCI呢?是運(yùn)氣嗎?我自己做的課題是個(gè)什么垃圾玩意?我如何才能實(shí)現(xiàn)發(fā)表10+SCI的夢(mèng)想呢?


針對(duì)以上疑問(wèn),今天為大家揭秘,成功發(fā)表一區(qū)SCI論文的底層邏輯到底是什么?

了解并掌握這一邏輯,相信你也一定可以在發(fā)表10+或一區(qū)SCI的征途上,成功上岸!

這一主題展開(kāi)之前,做兩點(diǎn)說(shuō)明:

1.這里的一區(qū)是指中科院一區(qū),而非JCR一區(qū),為什么做這個(gè)說(shuō)明呢,因?yàn)橹锌圃阂粎^(qū)相比于JCR一區(qū),是更好,也更難投的。以腫瘤學(xué)為例,中科院一區(qū),往往都是10+的水平,也就是影響因子大于10的期刊。如果對(duì)這兩種分區(qū)不清楚的,大家可以私下查詢(xún)或者在視頻討論區(qū)交流。

2.這里的底層邏輯,是指,一篇SCI論文,想要發(fā)表在中科院一區(qū)或10+的期刊,其科研邏輯需要達(dá)到什么水平?

好,接著我們展開(kāi)此次主題講解。


首先,大家需要知道,科研邏輯的概念是什么?簡(jiǎn)而言之,科研邏輯本質(zhì)上是因果關(guān)系論證邏輯,我們做課題的過(guò)程實(shí)質(zhì)上就是對(duì)一串因果上下游關(guān)系的論證。關(guān)于科研邏輯這一點(diǎn),大家一定要先有清晰的認(rèn)知,如果不清楚的,建議一定要回頭看下我在B站的另一個(gè)視頻《大師兄帶你讀懂SCI文獻(xiàn)》,這個(gè)視頻里對(duì)科研邏輯做了非常詳細(xì)的解讀,大家都能聽(tīng)的懂。

OK,繼續(xù)回到主題上來(lái),發(fā)表一篇10+SCI的科研邏輯,究竟需要達(dá)到什么水平呢?


也就是說(shuō),一篇10+SCI論文的科研邏輯,對(duì)因果關(guān)系是如何進(jìn)行論證的?

答案非常簡(jiǎn)單,就是利用rescue實(shí)驗(yàn),對(duì)科研邏輯中的因果關(guān)系進(jìn)行充分論證!

可以毫不夸張的說(shuō),一篇沒(méi)有rescue實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的文章,是基本不可能上一區(qū)或10+的,而一篇10+的文章,或者主刊與大子刊的文章,必然是進(jìn)行了非常充分的rescue實(shí)驗(yàn)進(jìn)行科研邏輯因果關(guān)系論證的。

所以,大家這里應(yīng)該清楚了,決定你的文章(特別是研究論文)能否上10+最關(guān)鍵的一點(diǎn),就是你的課題設(shè)計(jì)中有無(wú)充分的rescue實(shí)驗(yàn)。

當(dāng)然,沒(méi)有科研積累的同學(xué),聽(tīng)到上面的話啊,肯定又是一頭霧水,因此呢,我們這里對(duì)以上答案再做更詳細(xì)的拆解。

首先,我們要回答回答第一個(gè)問(wèn)題,什么是rescue實(shí)驗(yàn)?

說(shuō)起rescue實(shí)驗(yàn),不得不提他理論起源,那就是柯霍氏法則。


柯霍是一個(gè)病原微生物學(xué)家,他在研究中發(fā)現(xiàn),為了證明一個(gè)病原體和疾病之間的因果關(guān)系,必須要滿足以下三點(diǎn):1. 病原體和疾病表型具有相關(guān)性;2. 去除病原體,疾病表型減弱;3. 相同病原體再次感染,可以重新出現(xiàn)疾病表型(rescue)。

通過(guò)總結(jié),將以上三點(diǎn)成為柯霍氏法則,用于證明病原體和疾病之間的因果關(guān)系。


隨著DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的揭秘,我們進(jìn)入了分子研究時(shí)代,于是,為了證明分子和表型之間的因果關(guān)系,根據(jù)最初的柯霍氏法則衍生出來(lái)了分子柯霍氏法則:1.基因和疾病表型具有相關(guān)性;2. 去除基因,疾病表型減弱;3. 重新過(guò)表達(dá)該基因,被減弱的表型再次恢復(fù)(rescue)。

為了方便大家完全理解,這里再為大家做個(gè)比喻,進(jìn)行類(lèi)比:


比如一個(gè)水管,水從上游流向下游,在水管中間有一個(gè)黑匣子,我們看不到水管在黑匣子里面的結(jié)構(gòu),但是黑匣子上面有9個(gè)閥門(mén),一旦通水,9個(gè)閥門(mén)都會(huì)里飄起來(lái),為了確定哪一個(gè)閥門(mén)控制著水流從上游流向下游,我們需要在通水的情況下,逐個(gè)關(guān)閉閥門(mén),如果關(guān)閉哪個(gè)閥門(mén)之后,下游水流被切斷了,提示我們?cè)撻y門(mén)很可能控制水流向下游,于是我們?cè)俅蜷_(kāi)閥門(mén),發(fā)現(xiàn)水流恢復(fù),這個(gè)再打開(kāi)閥門(mén)的過(guò)程就稱(chēng)之為rescue的過(guò)程,類(lèi)比到實(shí)驗(yàn)上,就是我們做rescue實(shí)驗(yàn)的過(guò)程。

相信大家已經(jīng)看出來(lái)了,上面這個(gè)例子關(guān)閉閥門(mén)的過(guò)程,就相當(dāng)于驗(yàn)證候選基因的過(guò)程,再次打開(kāi)閥門(mén)的過(guò)程,就是rescue實(shí)驗(yàn)的過(guò)程,經(jīng)過(guò)關(guān)閉+再打開(kāi)的rescue這兩個(gè)過(guò)程,就可以充分的證實(shí)分子和疾病表型之間的因果上下游關(guān)系了。這也是科研邏輯因果關(guān)系論證的必要的兩步:正向+反向證實(shí),這里的反向也就是我們說(shuō)的rescue。

所以,我們可以得出,rescue實(shí)驗(yàn)的本質(zhì)就是控制邏輯上游不變,針對(duì)邏輯節(jié)點(diǎn)進(jìn)行反向干預(yù),以觀測(cè)邏輯上游對(duì)下游各個(gè)環(huán)節(jié)的影響是否出現(xiàn)恢復(fù)性改變。進(jìn)而證實(shí)該環(huán)節(jié)是后續(xù)環(huán)節(jié)的邏輯上游,也就是因,下游就是果。

我們?cè)俅谓Y(jié)合這篇Cancer cell的科研邏輯實(shí)例進(jìn)行闡述rescue實(shí)驗(yàn)如何做的。


這篇文章的提出并證實(shí)的科研邏輯(也就是work model)是KRAS*抑制IRF2表達(dá),IRF2抑制CXCL3表達(dá),CXCL3招募MDSC,MDSC抑制T細(xì)胞,進(jìn)而導(dǎo)致促癌表型。

為了證實(shí)這個(gè)科研邏輯各環(huán)節(jié)之間的因果上下游關(guān)系,必須進(jìn)行rescue實(shí)驗(yàn)。

再次提醒:rescue實(shí)驗(yàn)的本質(zhì)就是控制邏輯上游不變,針對(duì)邏輯節(jié)點(diǎn)進(jìn)行反向干預(yù),以觀測(cè)邏輯上游對(duì)下游各個(gè)環(huán)節(jié)的影響是否出現(xiàn)恢復(fù)性改變。

比如,為了證實(shí)IRF2處于CXCL3的上游,首先必須進(jìn)行正反向兩個(gè)角度論證,正向論證就是過(guò)表達(dá)IRF2發(fā)現(xiàn)抑制CXCL3表達(dá),反向論證就是敲除IRF2,發(fā)現(xiàn)CXCL3表達(dá)增強(qiáng)。此外,為了證實(shí)KRAS*突變確實(shí)通過(guò)抑制IRF2激活CXCL3表達(dá),還要進(jìn)行rescue實(shí)驗(yàn)。即:在KRAS*突變的情況下(控制上游不變),既然IRF2被抑制,則我們進(jìn)行反向干預(yù),再過(guò)表達(dá)IRF2(rescue),以觀測(cè)KRAS*對(duì)CXCL3的激活(下游)被削弱,以此證實(shí)KRAS*突變確實(shí)通過(guò)抑制IRF2,解除IRF2對(duì)CXCL3的抑制,進(jìn)而激活了CXCL3的表達(dá)。如此,則KRAS*—IRF2—CXCL3這一因果上下游關(guān)系成立。同類(lèi)型拓展,以此類(lèi)推,我們就可以證實(shí)該文章的邏輯框架中的每一個(gè)環(huán)節(jié)的因果上下游關(guān)系。

好啦,經(jīng)過(guò)上面的講解,相信大家對(duì)rescue實(shí)驗(yàn)的理論起源和核心要義肯定已經(jīng)清晰了。

那,在具體的科研課題中rescue實(shí)驗(yàn)如何設(shè)計(jì)呢?


重要的事情說(shuō)三遍:rescue實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的本質(zhì)就是控制邏輯上游不變,針對(duì)邏輯節(jié)點(diǎn)進(jìn)行反向干預(yù),以觀測(cè)邏輯上游對(duì)下游各個(gè)環(huán)節(jié)的影響是否出現(xiàn)恢復(fù)性改變。

具體而言,包括單節(jié)點(diǎn)rescue和雙節(jié)點(diǎn)rescue兩種設(shè)計(jì)方式。

這里我們還是以這篇文章已經(jīng)證實(shí)的一個(gè)科研邏輯框架為例,為大家說(shuō)明。

單節(jié)點(diǎn)rescue:我們控制上游不變,比如保持KRAS*突變狀態(tài)(上游);針對(duì)單個(gè)邏輯節(jié)點(diǎn)進(jìn)行反向干預(yù)(rescue),比如刪除MDSCs(KRAS*突變下MDSCs是增多的,所以反向干預(yù)就是刪除);以觀測(cè)上游對(duì)下游的影響是否恢復(fù),這里就是觀測(cè)MDSCs刪除后對(duì)KRAS*突變(上游)介導(dǎo)的T細(xì)胞功能和促癌表型的影響(下游)是否會(huì)消失。如果刪除MDSCs可以使KRAS*突變導(dǎo)致的T細(xì)胞抑制和促癌表型消失,則MDSCs邏輯節(jié)點(diǎn)的因果上下游關(guān)系得以論證。以此類(lèi)推,我們可以繼續(xù)證實(shí)這篇研究論文邏輯框架中的各個(gè)邏輯節(jié)點(diǎn)是否處于猜想的邏輯因果上下游對(duì)應(yīng)節(jié)點(diǎn)上。

雙節(jié)點(diǎn)rescue:我們控制上游不變,比如保持KRAS*突變狀態(tài)(上游);針對(duì)兩個(gè)邏輯節(jié)點(diǎn)進(jìn)行反向干預(yù)(rescue),比如刪除MDSCs(KRAS*突變下MDSCs是增多的,所以反向干預(yù)就是刪除)的同時(shí),再刪除T細(xì)胞(MDSCs刪除后解除了其對(duì)T細(xì)胞的抑制,T細(xì)胞增多,因此反向干預(yù)就是再刪除T細(xì)胞);以觀測(cè)上游對(duì)下游的影響是否回復(fù),這里就是觀測(cè)MDSCs刪除后對(duì)KRAS*突變(上游)介導(dǎo)的T細(xì)胞功能和促癌表型的影響(下游)是否會(huì)消失;同時(shí)也觀測(cè)T細(xì)胞刪除后對(duì)MDSCs刪除引起的KRAS*突變所致表型改變(抑癌)是否能夠再次被恢復(fù)(促癌)。以此便可以充分論證KRAS*—(抑制)MDSC—(抑制)T細(xì)胞—促癌表型這一邏輯因果上下游關(guān)系。

當(dāng)然,按照邏輯推理,還有控制多變量,但是這種在實(shí)際科研課題因果關(guān)系論證中,基本不會(huì)涉及,所以不用考慮。

事實(shí)上,在當(dāng)前,研究論文中,如果只是發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的表型,根據(jù)其意義,大概能發(fā)表在3-5分SCI(比如以上示例文章中的KRAS*突變促癌表型);如果在表型基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn)并證實(shí)了1-2個(gè)邏輯節(jié)點(diǎn)因果關(guān)系,大概文章水平在5-10分SCI(比如以上示例文章中的KRAS*突變通過(guò)招募MDSC抑制T細(xì)胞,導(dǎo)致促癌表型);如果在表型基礎(chǔ)上發(fā)現(xiàn)并證實(shí)3-5個(gè)邏輯節(jié)點(diǎn)的因果關(guān)系型,文章水平才能比較確信發(fā)到10+水平SCI(比如以上示例文章中的KRAS*突變通過(guò)抑制IRF2表達(dá),激活了CXCL3表達(dá),CXCL3招募MDSC,抑制T細(xì)胞,再導(dǎo)致促癌)。

所以大家可以根據(jù)以上說(shuō)明,比較容易判斷一個(gè)課題,到底可以發(fā)到什么水平的SCI。

今天分享的這一科研因果關(guān)系論證思維,濃縮了大師兄多年科研積累及心得體會(huì),希望大家可以多花時(shí)間,認(rèn)真領(lǐng)悟,錯(cuò)過(guò)的必定后悔!

好了,關(guān)注大師兄,科研不迷路!

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