SRA數(shù)據(jù)庫(kù)：Sequence Read Archive，是NCBI網(wǎng)站下用于保存測(cè)序數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，大部分發(fā)表paper的測(cè)序數(shù)據(jù)都會(huì)上傳至SRA數(shù)據(jù)庫(kù)，SRA則會(huì)將原始數(shù)據(jù)壓縮為.sra格式的文件方便大家下載。

ENA數(shù)據(jù)庫(kù)：是歐洲生物信息研究所EBI旗下保存測(cè)序數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，與SRA功能類(lèi)似，相較于SRA數(shù)據(jù)庫(kù)只提供.sra格式的文件，ENA還支持直接下載fastq和bam，是生信小白入門(mén)的不二之選。

當(dāng)我們?cè)趐aper中獲得測(cè)序數(shù)據(jù)的SRR號(hào)后，可以現(xiàn)在ENA數(shù)據(jù)庫(kù)上搜索（ENA下載速度比SRA快不少），如果沒(méi)有再去SRA上查詢。

復(fù)現(xiàn)paper當(dāng)然少不了將高通量測(cè)序數(shù)據(jù)down至本地服務(wù)器，目前從數(shù)據(jù)庫(kù)down文件的方法主要有兩種：其一為使用wget或者curl等命令從FTP上下載文件（一定要加上-c開(kāi)啟斷點(diǎn)續(xù)傳，別問(wèn)為什么，誰(shuí)明白down了一晚的文件不能用的苦），其二就是NCBI官網(wǎng)的sratoolkit工具中的prefetch，prefetch還支持SRR號(hào)下載，測(cè)序文件自動(dòng)按照SRR號(hào)歸檔。當(dāng)然，土豪也可以用瀏覽器、迅雷下載了再上傳至服務(wù)器，下載速度也都不慢。

首先當(dāng)然是NCBI SRA Toolkit，作為懶癌星人，不要跟我說(shuō)什么源碼變異、環(huán)境路徑，沒(méi)有什么是conda解決不了的，如果有，那就上bioconda。

當(dāng)然該面對(duì)的問(wèn)題還得面對(duì)，conda默認(rèn)的sratools版本號(hào)太低，SRA數(shù)據(jù)庫(kù)都該https了，sratools還是http，不過(guò)沒(méi)關(guān)系，bioconda里的sratools2.10版本還能用，縫縫補(bǔ)補(bǔ)接著用吧，還能上源碼咋滴。

接下來(lái)就是實(shí)操環(huán)節(jié)了，給朕上conda

無(wú)腦y，依賴什么的對(duì)于conda都是撒撒水啦。

接下來(lái)上實(shí)戰(zhàn)，以SRP193866為例

Sratools默默開(kāi)始工作了，當(dāng)然，服務(wù)器也不能一直放著下載，愛(ài)妃還是去后臺(tái)呆著吧

在最后加個(gè)&就能讓命令后臺(tái)候著了。

可以看到sratools自動(dòng)生成SRR號(hào)文件夾，并將測(cè)序數(shù)據(jù).sra下載至文件夾中。

好啦，今天就到這吧，欲知后事（sra2fastq）如何，歡迎關(guān)注小云，以免錯(cuò)過(guò)更新喲。