分析GULP結(jié)果

當(dāng)作業(yè)已完成并且所有輸出文件已成功下載到適當(dāng)?shù)慕Y(jié)果文件夾時(shí)，可以分析GULP結(jié)果。

注意：從通過(guò)網(wǎng)關(guān)在服務(wù)器上運(yùn)行的已完成GULP作業(yè)成功下載輸出文件后，結(jié)構(gòu)和/或力場(chǎng)庫(kù)將自動(dòng)更新，同時(shí)創(chuàng)建軌跡文件（如果適用）。對(duì)于在獨(dú)立模式下運(yùn)行的作業(yè)，這種情況不會(huì)自動(dòng)發(fā)生。所有其他分析功能必須使用GULP分析對(duì)話(huà)框上的控件手動(dòng)執(zhí)行。

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顯示軌跡和圖表數(shù)據(jù)

根據(jù)執(zhí)行的計(jì)算類(lèi)型，GULP運(yùn)行可能會(huì)生成軌跡文檔和一個(gè)或多個(gè)圖表文檔。這些文檔彼此之間有著特殊的關(guān)聯(lián)，因?yàn)閳D上的每個(gè)點(diǎn)都對(duì)應(yīng)于軌跡中的一個(gè)幀。

無(wú)論何時(shí)運(yùn)行幾何優(yōu)化或動(dòng)力學(xué)計(jì)算，GULP都會(huì)生成軌跡（.xtd）文件。在所有情況下，優(yōu)化的歷史記錄都會(huì)在一個(gè)名為[seedname].xtd的文件中返回。

當(dāng)您運(yùn)行幾何優(yōu)化時(shí)，會(huì)生成兩個(gè)圖表文檔：

l?[seedname]Energies.xcd-包含總能量與優(yōu)化步驟的關(guān)系圖

l?[seedname]Convergence.xcd-包括以對(duì)數(shù)尺度顯示，總能量變化和梯度與優(yōu)化步驟的關(guān)系（還顯示了幾何優(yōu)化運(yùn)行的收斂標(biāo)準(zhǔn)）

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當(dāng)你運(yùn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬時(shí)，會(huì)生成三個(gè)或四個(gè)圖表文件（取決于模型的維度）：

l?[seedname]Constant.xcd-包含運(yùn)動(dòng)常數(shù)與模擬時(shí)間的關(guān)系圖。

l?運(yùn)動(dòng)常數(shù)的性質(zhì)取決于所使用的系綜，在最簡(jiǎn)單的NVE情況下，它只是總能量。更復(fù)雜的組合將恒溫器和氣壓計(jì)的貢獻(xiàn)添加到總能量中，以構(gòu)成運(yùn)動(dòng)常數(shù)。

l?[seedname]Energy.xcd-包含動(dòng)能和勢(shì)能與模擬時(shí)間的關(guān)系圖

l?[seedname]溫度.xcd-包含溫度與模擬時(shí)間之間的關(guān)系圖

l?[seedname]壓力.xcd-包括壓力與模擬時(shí)間之關(guān)系圖（僅適用于3D周期性結(jié)構(gòu)）

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創(chuàng)建軌跡和圖表

當(dāng)您通過(guò)Materials Studio界面運(yùn)行GULP時(shí)，這些軌跡和圖表的創(chuàng)建和顯示是自動(dòng)的。如果選中GULP作業(yè)控制選項(xiàng)對(duì)話(huà)框上的“自動(dòng)查看輸出”復(fù)選框，則圖形將在運(yùn)行完成時(shí)自動(dòng)顯示。如果選中“更新圖形”，則在整個(gè)計(jì)算過(guò)程中，這些圖形將顯示并更新為中間結(jié)果。

您可以使用GULP用戶(hù)界面為以獨(dú)立模式運(yùn)行的作業(yè)生成圖表文件。

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從獨(dú)立計(jì)算生成的輸出文件創(chuàng)建圖表

1.使用在獨(dú)立模式下運(yùn)行GULP中描述的過(guò)程，將文件從計(jì)算服務(wù)器下載到您的電腦。您應(yīng)該確保已從服務(wù)器檢索到所有輸出文件。

2.從菜單欄中選擇Modules | GULP | Analysis（模塊|GULP |分析）以顯示GULP Analysis（GULP分析）對(duì)話(huà)框。

3.從對(duì)話(huà)框頂部的選項(xiàng)列表中選擇“能量演化”。

4.確保獨(dú)立計(jì)算中的.gout文件是當(dāng)前活動(dòng)的文檔。

5.單擊“查看”按鈕。

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如果使用Materials Studio界面設(shè)置和啟動(dòng)作業(yè)，則可以按照類(lèi)似的過(guò)程重新生成圖表文檔。

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重新生成圖表

1.從菜單欄中選擇Modules | GULP | Analysis（模塊|GULP |分析）以顯示GULP Analysis（GULP分析）對(duì)話(huà)框。

2.從對(duì)話(huà)框頂部的選項(xiàng)列表中選擇“能量演化”。

3.確保當(dāng)前文檔是結(jié)果文件夾中的3D結(jié)構(gòu)文檔，或者是相應(yīng)計(jì)算中的.gout文件。

4.單擊“查看”按鈕。

通過(guò)將結(jié)果文件下載到計(jì)算機(jī)，可以為在獨(dú)立模式下運(yùn)行的GULP作業(yè)創(chuàng)建軌跡。GULP使用擴(kuò)展名為.trg的隱藏二進(jìn)制文件中的信息來(lái)創(chuàng)建用于幾何優(yōu)化或動(dòng)力學(xué)計(jì)算的軌跡文件。軌跡數(shù)據(jù)保存在結(jié)果文件夾[seedname].trj中的一個(gè)隱藏文件中。該文件包含結(jié)構(gòu)演變的完整細(xì)節(jié)，包括能量的變化。

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從獨(dú)立計(jì)算生成的輸出文件創(chuàng)建軌跡的步驟

1.使用在獨(dú)立模式下運(yùn)行GULP中描述的過(guò)程，將文件從計(jì)算服務(wù)器下載到您的電腦。請(qǐng)確保檢索.check、.gout和.geom或.md文件。

2.從菜單欄中選擇Modules | GULP | Analysis（模塊|GULP |分析）以顯示GULP Analysis（GULP分析）對(duì)話(huà)框。

3.從對(duì)話(huà)框頂部的選項(xiàng)列表中選擇“結(jié)構(gòu)”。

4.確保獨(dú)立計(jì)算輸出的三維結(jié)構(gòu)文檔為活動(dòng)文檔。

5.單擊“創(chuàng)建軌跡”按鈕。

可以使用“動(dòng)畫(huà)”工具欄上的控件為軌跡文件設(shè)置動(dòng)畫(huà)。

如果您可以訪問(wèn)Forcete模塊，您可能會(huì)發(fā)現(xiàn)它的一些動(dòng)力學(xué)、統(tǒng)計(jì)和結(jié)構(gòu)分析功能對(duì)分析軌跡很有用。有關(guān)詳細(xì)信息，請(qǐng)參閱使用強(qiáng)制分析主題。

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設(shè)置軌跡動(dòng)畫(huà)

可以使用“動(dòng)畫(huà)”工具欄上的控件設(shè)置軌跡動(dòng)畫(huà)，逐步遍歷文檔的每個(gè)幀。如果圖表在動(dòng)畫(huà)過(guò)程中打開(kāi)，則與活動(dòng)幀相對(duì)應(yīng)的點(diǎn)將高亮顯示。