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科研代碼大全|媽媽再也不用擔(dān)心我不會隨機(jī)森林啦

2023-06-25 17:23 作者:爾云間  | 我要投稿


隨機(jī)森林是一種常見的機(jī)器學(xué)習(xí)算法,其基于多個(gè)決策樹進(jìn)行集成學(xué)習(xí),既可用于分類問題,也可用于回歸問題。R語言中有多個(gè)包支持隨機(jī)森林模型的構(gòu)建,本文將以randomForest包為例,介紹如何在R語言中構(gòu)建和使用隨機(jī)森林模型。

跟著小云一起學(xué)起來吧!

一、導(dǎo)入數(shù)據(jù)

我們可以使用read.csv()函數(shù)從CSV文件中導(dǎo)入數(shù)據(jù)。在本例中,我們使用UC Irvine的鳶尾花(Iris)數(shù)據(jù)集作為示例。

```r

# 導(dǎo)入數(shù)據(jù)

iris_data <- read.csv("iris.csv", header = TRUE)

二、拆分?jǐn)?shù)據(jù)

我們可以使用caret包中的createDataPartition()函數(shù)將數(shù)據(jù)集拆分成訓(xùn)練集和測試集。建議將70%的數(shù)據(jù)用于訓(xùn)練集,30%的數(shù)據(jù)用于測試集。

```r

library(caret)

set.seed(123)

train_index <- createDataPartition(iris_data$Species, p=0.7, list=FALSE)

train_data <- iris_data[train_index, ]

test_data <- iris_data[-train_index, ]

```?

三、構(gòu)建模型

我們可以使用randomForest包中的randomForest()函數(shù)來構(gòu)建隨機(jī)森林模型。randomForest()函數(shù)的基本語法如下:

```r

randomForest(x, y, ntree, mtry)

```

其中x參數(shù)是訓(xùn)練集中所有特征的數(shù)據(jù)框,y參數(shù)是訓(xùn)練集的響應(yīng)變量,ntree參數(shù)是定義基本決策樹的數(shù)量,mtry參數(shù)是定義每個(gè)基本決策樹使用的變量數(shù)。

在本例中,我們將將鳶尾花數(shù)據(jù)集的四個(gè)特征作為x變量,將種類作為y變量,使用500個(gè)基本決策樹,每個(gè)基本決策樹最多使用兩個(gè)變量。

```r

library(randomForest)

# 構(gòu)建模型

iris_rf <- randomForest(Species ~ ., data=train_data, ntree=500, mtry=2)

```

注意:在這里species要使用as.factor()函數(shù)將其轉(zhuǎn)化成因子,不然R可能會報(bào)錯(cuò)

四、模型預(yù)測和評估

我們可以使用predict()函數(shù)對新數(shù)據(jù)進(jìn)行預(yù)測,并使用confusionMatrix()函數(shù)評估預(yù)測結(jié)果的準(zhǔn)確性。

```r

# 預(yù)測新數(shù)據(jù)

predicted <- predict(iris_rf, newdata=test_data)

# 評估預(yù)測結(jié)果

confusionMatrix(predicted, test_data$Species)

五、特征重要性

隨機(jī)森林模型可以通過計(jì)算每個(gè)特征(變量)的重要性來幫助理解數(shù)據(jù)。特征重要性指的是該特征對預(yù)測模型的準(zhǔn)確性有多大貢獻(xiàn)。

在R語言中,我們可以使用importance()函數(shù)來計(jì)算每個(gè)特征的重要性。

```r

# 計(jì)算特征重要性

variable_importance <- importance(iris_rf)

# 繪制特征重要性圖

plot(variable_importance)

總結(jié)

在本文中,我們介紹了如何使用randomForest包在R語言中構(gòu)建和使用隨機(jī)森林模型。我們學(xué)習(xí)了如何導(dǎo)入數(shù)據(jù),分割數(shù)據(jù),構(gòu)建模型,預(yù)測并評估模型,以及如何計(jì)算特征重要性。這些技能都是進(jìn)行機(jī)器學(xué)習(xí)和數(shù)據(jù)科學(xué)的基礎(chǔ)。

?

好了,今天的分享就到這里了,歡迎關(guān)注"爾云間”,主要發(fā)表或收錄生物信息學(xué)的教程,以及基于R的分析和可視化等內(nèi)容,一起見證小白和大佬的成長。


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