現(xiàn)代腫瘤學認為腫瘤不再是一種疾病，而是一類疾病。對于同一種癌癥類型（以癌灶器官命名）而言，由于腫瘤發(fā)病機制的復(fù)雜，在組織病理學及分子生物學上都具有高度異質(zhì)性。腫瘤通常是多基因參與的復(fù)雜疾病，不同階段具有不同基因表達譜，癌癥的遺傳性、個體差異性和分子機制的復(fù)雜性，因此需要由亞型來描述其特征。因此開發(fā)了一款基于ImmuneSubtypeClassifier包，根據(jù)腫瘤中的免疫細胞基因表達情況進行腫瘤免疫亞型分類的代碼。區(qū)分免疫亞型用到了485個關(guān)鍵的基因，利用XGBoost分類器，根據(jù)這485個特征基因，建模評估樣本表達譜與特征之間的關(guān)聯(lián)。然后按照腫瘤中的免疫細胞基因表達情況將腫瘤樣本分為6種免疫反應(yīng)亞型：C1—傷口愈合型、C2—IFN-γ主控型、C3—炎癥型、C4—淋巴細胞消減型、C5—免疫靜默型、C6—TGF-β主導(dǎo)型。

使用方法：

Rscript??ImmuneSubtype.R??-expdata=?data.txt

參數(shù)說明：

USAGE:

ImmuneSubtype.R??-expdata=<expdata>

PARAMETERS:

-expdata?the?tumor?samples?exprssion?data?,input?txt?format.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript??ImmuneSubtype.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進行設(shè)置。這里，必須輸入?yún)?shù)有1個，分別是-expdata，用戶提供基因表達譜。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示"Program?execution?is?completed?"結(jié)束語。

結(jié)果展示：

1.?result.?csv

第一列為樣本，第二列為亞型，依次對應(yīng)著6種免疫反應(yīng)亞型：C1—傷口愈合型、C2—IFN-γ主控型、C3—炎癥型、C4—淋巴細胞消減型、C5—免疫靜默型、C6—TGF-β主導(dǎo)型。

2.?missingGenes.?csv

注：樣本的免疫亞型分別情況，橫坐標為免疫亞型，縱坐標count代表樣本個數(shù)

特別說明：本代碼經(jīng)申請軟件著作權(quán)，僅轉(zhuǎn)讓使用權(quán)，不轉(zhuǎn)讓所有權(quán)

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