利用 bioconda 管理生物信息軟件
文章有參考以下兩個視頻，有需要可以瞅瞅喲！老師們各有千秋！
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1 了解 conda，anaconda，miniconda，bioconda
1.1 conda
conda是一個軟件模塊管理工具，也是一個可執(zhí)行命令，其核心功能是包管理與環(huán)境管理，可以用來管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN等語言的模塊。在python中使用比較多，有點類似于pip工具。
conda的用途：
????快速安裝、運行和升級包及其依賴項
????在計算機中便捷地創(chuàng)建、保存、加載和切換環(huán)境
1.2 anaconda
anaconda是一個開源的Python發(fā)行版本，包含了conda、Python等180多個科學(xué)包及其依賴項。
Anaconda具有如下特點：
????開源
????安裝過程簡單
????高性能使用Python和R語言
????免費的社區(qū)支持
其特點的實現(xiàn)主要基于Anaconda擁有的：
????conda包
????環(huán)境管理器
????1,000+開源庫
1.3 miniconda
通過以上對anaconda的介紹，我們了解到anaconda的數(shù)據(jù)包和安裝包都很大，但我們用不到那么多，那么，miniconda登場！前者安裝包較大，包含了較多默認安裝包，而miniconda屬于精簡版本，可按照自己需求進行安裝，推薦安裝miniconda。
1.4 bioconda
bioconda是一個管理生物信息軟件的工具軟件，它基于anaconda可以進行生物軟件的搜索、下載、安裝、升級、刪除等操作，可以將 bioconda 當成生物信息軟件的AppStore。
bioconda的使用首先需要安裝miniconda，在安裝好miniconda之后，添加相應(yīng)的生物信息軟件相關(guān)的channel之后，就是bioconda了。換言之，bioconda就是一種生物定制版本的conda。bioconda是目前已知最好的生物軟件管理工具之一，目前已經(jīng)支持超過 7000 多款生物軟件的安裝。
bioconda的優(yōu)點：
1. 自動安裝依賴，解決軟件依賴問題，實現(xiàn)生物軟件一鍵安裝，再也不用體會源代碼編譯之苦了；
2. 除了生信類軟件，R 語言、Python語言軟件包都可以進行安裝；
3. 方便進行管理和升級，軟件版本可選擇，同一個軟件可以選擇安裝任意的版本；
4. 使用普通用戶進行安裝，不需要管理員幫忙安裝依賴軟件；
5. 創(chuàng)建環(huán)境，例如需要使用Python 3，但默認是Python 2.7，可以創(chuàng)建一個Python 3環(huán)境；
6. 所有軟件安裝在同一目錄下，方便進行管理和遷移。
2 bioconda的安裝
2.1 miniconda的安裝
2.2 添加channel
剛才安裝的只是miniconda，conda默認的channel是用來管理python模塊的，必須添加bioconda這個channel才能下載和安裝生物軟件。
自用小tips：channel就是軟件包存在的位置（類似于其余語言的CPAN, CRAN, Bioconductor），conda install yyy?之所以能成功的前提，是軟件 yyy 已經(jīng)在某個channel里。
鏡像
eg. 清華鏡像channel:?https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/
小tips：
1. 不要重復(fù)添加channel，冗余的channel會讓安裝軟件的過程變慢，且添加的先后順序是非常重要且有意義的，要正確設(shè)置優(yōu)先級（即，conda-forge是最高優(yōu)先級）；
2. 添加鏡像要看服務(wù)器所在的位置，而不是使用者所在的位置。
3 利用bioconda管理軟件
3.1 哪些軟件可以用conda安裝
1. 網(wǎng)站查詢
????https://anaconda.org/
????https://bioconda.github.io/
2.?
3. 關(guān)鍵詞搜索
????搜索引擎直接輸入 xxx conda
3.2 軟件管理
小tips：
安裝時找不到這個包咋整？
1. 首先確認conda是否可以安裝所需軟件
2. 確認是不是粗心大意打錯名稱
3. 確認所需軟件在conda中的名稱
? ? eg. sratoolkit —— sra-tools
3.3 配置環(huán)境
3.3.1 why？
conda會改變原來設(shè)置好的環(huán)境
不同軟件的依賴會互相沖突
A軟件依賴Python 2.7，B軟件依賴Python 3.8
方便項目管理
基因組、轉(zhuǎn)錄組、Chip-seq ......
小tips：base環(huán)境里裝包的時候要了解這個包對原生環(huán)境會造成什么影響（如果它在所有小環(huán)境都可以用的話，或許可以考慮裝在base環(huán)境下，新手謹慎）。
3.3.2 創(chuàng)建獨立環(huán)境
3.4 conda常用命令小結(jié)
3.4.1 環(huán)境管理
3.4.2 軟件管理
4 conda大tips
4.1 mamba的使用
如果你曾遇到以下問題：
????conda下載軟件速度慢？
????一直耗費時間處理環(huán)境問題？
????環(huán)境問題處理失?。?/p>
那么，mamba絕對可以讓你的軟件安裝過程變得過分絲滑！
mamba并沒有完全重新把conda重新寫一遍，而是加速了其中的一些線速度的步驟。
????1. 對 conda install 進行改造，使其可以多線程并行下載
????2. 增加了一些新功能
4.1.1 mamba的安裝與使用
首先切換至base環(huán)境，確保在base環(huán)境下安裝mamba。
小tips：裝在base環(huán)境中的包在其他小環(huán)境中可以調(diào)用，無需在每個環(huán)境下都安裝一次。
除了啟動環(huán)境外（ conda activate xxx），其他的conda命令都可以用mamba來代替，即直接將 conda替換為 mamba?即可。
4.1.2 使用mamba查看依賴關(guān)系
mamba可以很方便地查看安裝軟件之間的依賴關(guān)系。
4.2 版本控制和遷移
作用：
1. 發(fā)文章的時候提供版本號；
2. 更換服務(wù)器、分享的時候保持軟件版本不變。
4.3 將軟件安裝到指定位置
4.4 按照位置啟動小環(huán)境
4.5 為特定環(huán)境設(shè)置特殊頻道
參考資料
https://www.jianshu.com/p/0534043b4471
https://www.bilibili.com/video/BV1hA411W7aC?spm_id_from=333.999.0.0
https://www.bilibili.com/video/BV1Yy4y117SX?p=15
https://www.jianshu.com/p/62f155eb6ac5
