Cytoscape是我們日常數(shù)據(jù)分析中最常用的網絡圖繪制神器。今天小編給大家推薦一款2D轉3D插件 -- cy3d。

圖1. 3D網絡圖

圖2. Cy3D插件安裝

當中間的Cy3D后邊出現(xiàn)（Installed）后，即安裝成功。

簡單使用

1，edge示例數(shù)據(jù)

首先我們從頭創(chuàng)建一個網絡。打開excel，在excel中輸入如圖3的數(shù)據(jù)。也支持txt文件。

圖3. edge示例數(shù)據(jù)

2，導入edge文件并生成圖

點擊第4個按鈕（紅色框線），瀏覽并導入創(chuàng)建的edge文件。

圖4. 導入edge文件按鈕

圖5. 瀏覽并選擇edge文件

圖6. 設置source和target

圖7. 3D網絡圖

網絡圖最重要的步驟就是美化。細節(jié)的美化對于網絡圖來格外關鍵，因為默認導進來的圖一般是不能直接在文章中使用的。

Cytoscape提供了眾多參數(shù)對網絡進行微調。

圖8. 屬性調整參數(shù)

Node tab所屬為節(jié)點屬性，用來控制節(jié)點相關的參數(shù)，包括節(jié)點顏色(color)、節(jié)點大?。╳idth、height）、label顏色文字等。其中左側紅色方框所示為全局參數(shù)，用來控制所有節(jié)點。中間綠色方框所示為mapping屬性，即根據(jù)某一特征，例如導入的node節(jié)點的分類屬性，進行批量設置。右側藍色方框所示為局部參數(shù)，即選中某些節(jié)點后，單獨設置這些節(jié)點的參數(shù)。

圖9. Edge屬性

Edge tab所屬為邊屬性，用來控制節(jié)點連線的參數(shù)，包括線型（實線、虛線等），線寬等

同時，我們也可以設置不同的布局方式。在Layout主菜單中，有如下幾種布局供選擇：3D Force Directed (BioLayout)、3D Spherical、3D Grid、3D Box。

4，導出圖片

圖10. 導出圖片，png或者pdf

圖11. 3D網絡圖

注意：這里雖然導出pdf，然而似乎不是真正的矢量圖，看來3D的還是不如2D的方便。