持續(xù)安利免疫浸潤分析工具的小編又來啦~前邊幾期給大家分享了很多的工具，有同學(xué)留言問小編cibersort的教程呢？吶~這不就來了，重要的總要在后邊登場。各位同學(xué)請放心，cibersort的教程，雖晚必到。

cibersort是目前引用次數(shù)最多的免疫細(xì)胞浸潤估計(jì)分析工具，2015年首次發(fā)表于Nature method。CIBERSORT是基于線性支持向量回歸（linear support vector regression）原理對人類免疫細(xì)胞亞型的表達(dá)矩陣進(jìn)行去卷積的工具。用于芯片表達(dá)矩陣和測序表達(dá)矩陣，對未知混合物和含有相近的細(xì)胞類型的表達(dá)矩陣的去卷積分析優(yōu)于其他方法 (LLSR,LLSR,PERT,RLR,MMAD,DSA) 。該方法基于已知參考數(shù)據(jù)集，默認(rèn)提供22種免疫細(xì)胞亞型的基因表達(dá)特征集：LM22。

LM22.txt獲取方法：

在Cibersort論文中（https://www.nature.com/articles/nmeth.3337#MOESM207）下載Supplementry table 1

CIBERSORT同時提供R包和在線網(wǎng)頁工具，可以對用戶的表達(dá)矩陣進(jìn)行非負(fù)矩陣分解后計(jì)算不同細(xì)胞類型的比例。

CIBERSORT網(wǎng)頁版鏈接為https://cibersortx.stanford.edu/。需要說明的是，使用網(wǎng)頁版需要先進(jìn)行賬號注冊。

CIBERSORT需要兩個準(zhǔn)備文件，芯片或者測序表達(dá)矩陣以及參考數(shù)據(jù)集。

表達(dá)矩陣格式第一列是基因名，第一行是樣品名，不能有重復(fù)基因名，第一列列名不能空白。矩陣中不能存在空白或NA值，不要對表達(dá)量取Log2。

網(wǎng)頁版有LM22的參考數(shù)據(jù)集，只需要提供表達(dá)矩陣文件就可以了。具體操作如下：

點(diǎn)擊運(yùn)行，等待結(jié)果即可。

?

Cibersort R 代碼操作：

在R中新建R Script，復(fù)制以下網(wǎng)址中代碼，保存為“Cibersort.R”

https://rdrr.io/github/singha53/amritr/src/R/supportFunc_cibersort.R

（4）以上三個文件需保存在同一文件夾，運(yùn)行Cibersort的代碼如下：

setwd("三個文件的文件夾")

source('Cibersort.R')

result <- CIBERSORT('LM22.txt','DATA.txt', perm = 1000, QN = T)? #perm置換次數(shù)=1000，QN分位數(shù)歸一化=TRUE

在同一文件夾下可以得到運(yùn)算結(jié)果（"CIBERSORT-Results.txt"）

注意Cibersort結(jié)果的默認(rèn)文件名為CIBERSORT-Results.txt，在同一文件夾下進(jìn)行第二次運(yùn)算會覆蓋第一次得到的文件，建議在每一次運(yùn)算之后對文件重命名。

運(yùn)行結(jié)果示例：

基于結(jié)果表格，可以進(jìn)行多種可視化展示，比如箱線圖、柱狀圖等。

cibersort作為目前被引用次數(shù)最多的免疫浸潤工具是不是也不難，如果大家感興趣的話，可以做起來啦~~

???? 對代碼使用有難度或者可視化有困難的小伙伴們可以關(guān)注我們，小編為你們精心準(zhǔn)備了很多干貨，其中包含了目前最常規(guī)使用的免疫浸潤分析相關(guān)的工具和數(shù)據(jù)庫，包括Cibersort，ESTIMATE，ssGSEA等，所有代碼包括結(jié)果可視化的、使用、操作應(yīng)有盡有！