MetaboLights是歐洲生物信息學(xué)研究所(EMBL-EBI)第一個用于跨平臺和跨物種代謝組學(xué)研究的通用、開放存取的數(shù)據(jù)庫。MetaboLights是許多期刊的推薦代謝組學(xué)資料庫。下面來分享一下代謝組學(xué)原始數(shù)據(jù)在MetaboLights

（https://www.ebi.ac.uk/metabolights/）的上傳方法。

01?MetaboLights賬號申請

02?提示注冊成功，去郵箱激活賬號

03?登錄。點擊右上角“Login in”,進(jìn)入登陸界面，輸入賬號密碼登陸

04?創(chuàng)建文件，點擊submit study

05?點create online

06?點create new study

07?Let’s get started

08?點 yes后再點綠色的next

09?study文件創(chuàng)建成功，點next

10?來到第二步上傳文件，這里有2種上傳方式，第一種更方便，點擊Aspera Upload

11?彈出下面界面，先安裝插件，點install plugin,根據(jù)提示安裝IBM數(shù)據(jù)上傳的插件，安裝成功之后才可以進(jìn)行上傳

12?開始上傳，點擊upload files

13?彈出上傳數(shù)據(jù)的選項框，同時選擇要上傳的數(shù)據(jù)

14?用IBM插件上傳數(shù)據(jù)，如下所示，中途最小化插件界面并點擊close不會中斷傳輸，之后拉到頁面最下方，點擊綠色的next

15?填寫study description信息，包含關(guān)鍵詞、title、summary等，根據(jù)實際情況選擇是否有manuscript

16?進(jìn)入上面流程圖中的最后一步：填寫sample & assay details，下面的題目、作者、摘要、publication以及descriptors中的關(guān)鍵詞和factors（如劑量）等根據(jù)實際情況填寫

此網(wǎng)頁下方的以下7項內(nèi)容請根據(jù)實際情況填寫：

17?方法包括樣本收集、提取、色譜方法、質(zhì)譜方法、數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換、代謝物鑒定方法，請根據(jù)實際情況填寫，示例如下：

18?填寫sample里的內(nèi)容，根據(jù)實際情況增加樣本，填寫樣本名稱、物種、樣本類型等信息，示例如下。如果有factor（如性別、劑量等）也可以根據(jù)實際情況點擊factor增加列數(shù)

19?進(jìn)入assay填寫界面，根據(jù)實際情況選擇下面不同的選項，選完之后點擊下方綠色按鈕。注意：如果是POS和NEG模式都采集了請分別先選positive建立一個assay，再選擇negative建立一個assay，也就是說有2個assay，色譜方法根據(jù)實際情況選擇HILIC或者反向柱如C18

Assay創(chuàng)建成功后，拖動最下方進(jìn)度條可以查看需要填寫的內(nèi)容，根據(jù)實際情況填寫儀器類型、儀器型號、數(shù)據(jù)采集極性、scan range（在我司做的非靶代謝一般是60-1000 Da）、樣本對應(yīng)原始數(shù)據(jù)、對應(yīng)derived數(shù)據(jù)等信息。

20?進(jìn)入Metabolites填寫，可以點擊upload上傳可自動識別的txt（EXCEL打開進(jìn)行編寫）文件File:m_MTBLS2788_LC-MS___metabolite_profiling-1_v2_maf.tsv進(jìn)行批量填寫，這個文件可在這個網(wǎng)頁上下載下來然后填寫關(guān)鍵信息：metabolites identification 即代謝物名稱、mass to charge即m/z、retention time (RT)、Modification即adduct形式、各個樣本對應(yīng)的代謝物的定量值信息。也可以點擊“compound search”一個一個進(jìn)行添加但是相對麻煩。此步驟有疑問可以觀看本文最下面的視頻鏈接進(jìn)觀看，填寫示例如下：

21?最后一步study validations，不能有紅色的Errors報錯信息，如果有報錯請根據(jù)提示回到對應(yīng)位置進(jìn)行填寫，之后點擊refresh刷新（有時會有幾十秒的延遲）。

22?確認(rèn)無誤后，根據(jù)自己項目是否完成選擇”Submitted”或者“In Curation”，之后點擊“OK”

23?點擊綠色的時間按鈕，選擇數(shù)據(jù)釋放的時間

24?回到主界面點擊用戶名，之后點擊“My Studies”可以查看之前上傳的數(shù)據(jù)

25?在“Validation“后顯示綠色的對號時，說明數(shù)據(jù)上傳成功了。

官方教學(xué)視頻鏈接

https://www.ebi.ac.uk/metabolights/help

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