目前廣泛用于蛋白質鑒定的質譜分析主要包括兩種類型質譜：一種是MALDI-TOF直接對分子量進行測量；另一種是使用ESI-MS高分辨率質譜分析電噴霧得到的多電荷信號，然后對信號進行去卷積分析，獲得精確分子量數值。這兩種方法各有其優(yōu)點及適用的領域。百泰派克生物科技同時配備了這兩種質譜分析系統(tǒng)，可用于各類蛋白質樣品分子量測定，滿足包括肽指紋圖譜分析及蛋白質鑒定在內的多種蛋白質分子量分析需求。

案例分析：

1 大于10KDa分子量的某蛋白藥物精確分子量測定
百泰派克通過online反相色譜分離后，直接用Q Exactive質譜儀對原始信號進行采集。然后使用ProMass for XcaliburTM對原始數據進行deconvolution計算，得到樣品精確分子量。

進入質譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測器（如下圖所示），在實現對樣品分離的同時，還會對樣品的純度進行評估；色譜分離的過程也降低了在精確分子量檢測過程中對樣品純度的要求。

利用軟件對質譜原始數據進行分析時，可以根據TIC（總離子流圖）分別對樣品中的主要成分和次要成分的分子量進行選擇和分析。

例如我們對上圖中紅框標注的主要成分進行分子量分析，我們只需要找到該時刻得到質譜原始數據（如下圖所示）。

然后對上述原始數據進行去卷積處理，得到該蛋白樣品中主要成分的精確分子質量（如下圖所示）。

2 小于10KDa分子量的某肽段藥物精確分子量測定
百泰派克生物科技通過online反相色譜分離后，直接用Q Exactive質譜儀對原始信號進行采集，然后利用經典的計算分子量的方法對原始數據直接進行計算，得到樣品精確分子量。
進入質譜之前的反相色譜分離過程中連接了紫外檢測器（如下圖所示），在實現對樣品分離的同時，還會對樣品的純度進行評估；色譜分離的過程同樣也降低了在肽段精確分子量檢測過程中對樣品純度的要求。

在進行肽段精確分子量計算的過程中，我們只需要找到肽段洗脫時間點的質譜原始數據（如下圖所示）

按照經典的計算分子質量的方法，同時對帶有兩個以上電荷的分子進行分子量計算，得到該肽段樣品的精確分子質量。

同時我們還會給高豐度的帶電離子質譜原始數據供您參考（如下圖所示）。

MALDI 與ESI的優(yōu)缺點比較：