Discovery Studio廣泛應(yīng)用于計(jì)算化學(xué)和分子建模領(lǐng)域，用于藥物發(fā)現(xiàn)和材料科學(xué)研究。Discovery Studio提供了各種工具和功能，用于執(zhí)行與藥物設(shè)計(jì)、蛋白質(zhì)建模和模擬相關(guān)的計(jì)算任務(wù)。

Discovery Studio提供了分子對(duì)接、虛擬篩選和結(jié)構(gòu)基設(shè)計(jì)等工具。這些工具有助于識(shí)別和優(yōu)化潛在的藥物候選物，分子建模，分子動(dòng)力學(xué)模擬，生物信息學(xué)分析。

Discovery Studio是一款功能強(qiáng)大的軟件套件，適用于藥物研發(fā)、蛋白質(zhì)研究和分子建模等領(lǐng)域。它提供了豐富的工具和功能，幫助科學(xué)家在計(jì)算環(huán)境中進(jìn)行各種與分子相關(guān)的計(jì)算和模擬任務(wù)。下面就帶大家快速掌握蛋白受體和配體小分子的對(duì)接方法吧。

1首先打開(kāi)小分子文件，最上面一欄選small molecules ->prepare ligands 右鍵點(diǎn)view->graphics

注意側(cè)邊欄和圖像的交接處有個(gè)小三角，點(diǎn)擊它出現(xiàn)列表信息，打上勾。

2打開(kāi)大分子文件

左上角file->open->打開(kāi)蛋白受體文件，點(diǎn)擊小箭頭，查看列表信息，如果有配體文件就移除右鍵cut，水分子也一樣要移除掉。

然后我們選擇最上面一欄的chemistry->HYDROGENS->add添加氫

?添加氫原子前后對(duì)比圖

然后我們點(diǎn)擊左上角mancromolecules->prepare protein ->clean protein

3接著我們選擇球體范圍Receptor ligand interactions -> view interactions-> define receptor:我們的大分子蛋白文件

Deine and Edir Binding Site->Define site->from receptor cavities 出現(xiàn)球體后，我們左鍵點(diǎn)擊球體使其變成黃色，右鍵最后一項(xiàng)attributes of SBD，將radius半徑設(shè)置為能把小分子的范圍全部包住。

4分子對(duì)接

Receptor ligand interactions-.>dock ligands ->dock ligands->把input ligands設(shè)置成所需要的小分子（即第一步設(shè)置的小分子）等待對(duì)接。

完成之后，我們可以將其保存，然后打開(kāi)左側(cè)將某個(gè)想要的小分子打鉤，左鍵圈出，右鍵copy

?左上角new新建，然后粘貼上去，左側(cè)小三角欄中將小分子拖到cell中使其合并，然后保存。注意格式選擇pdb（protein data bank files）

?

5如果我們想查看結(jié)合位點(diǎn)的情況下，可以點(diǎn)擊Receptor ligand interactions->view interactions->ligand interactions

?對(duì)文章中我們經(jīng)常會(huì)看到一些2D圖的位點(diǎn)結(jié)合情況，點(diǎn)擊show 2D digram，放大2D圖

Discovery Studio提供了強(qiáng)大的分子可視化和分析工具，幫助你可視化和分析分子結(jié)構(gòu)、配體和蛋白質(zhì)相互作用等。你可以生成高質(zhì)量的分子結(jié)構(gòu)圖、表面圖和云圖，并使用各種分析工具進(jìn)行結(jié)構(gòu)和性質(zhì)分析。

最后小云提醒大家注意哈，在寫(xiě)文章引用discoverory時(shí)候付費(fèi)軟件都需要版權(quán)，當(dāng)然我們去使用開(kāi)源的AutoDock，也能分子對(duì)接。后續(xù)我會(huì)給大家出幾期autodock的分子對(duì)接方法。以上就是小云分享的部分操作內(nèi)容，更多精彩后續(xù)我們繼續(xù)發(fā)掘。