根據(jù)不同的研究目的可以將代謝組學(xué)分為靶向代謝組學(xué)和非靶向代謝組學(xué)。靶向代謝組學(xué)主要是對目標(biāo)代謝物或已知代謝物進(jìn)行多重分析；非靶向代謝組學(xué)通過高通量分析生物體或系統(tǒng)內(nèi)的所有代謝物以尋找并篩選關(guān)鍵代謝物進(jìn)行后續(xù)分析。簡而言之，靶向代謝組學(xué)的研究對象在實(shí)驗(yàn)前是確定的，而非靶向代謝組學(xué)的研究對象在實(shí)驗(yàn)前是不確定的。

靶向代謝組學(xué)利用標(biāo)準(zhǔn)品和同位素內(nèi)標(biāo)來實(shí)現(xiàn)特定代謝物的精準(zhǔn)定性和定量分析，但是對物質(zhì)的覆蓋率有限；非靶向代謝組學(xué)利用色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)或核磁共振技術(shù)對生物體的所有代謝物的動(dòng)態(tài)變化進(jìn)行檢測，盡可能多的采集代謝物的信息，雖然通量高，覆蓋率廣，但是由于缺乏標(biāo)準(zhǔn)品導(dǎo)致不能獲取絕對定性和定量數(shù)據(jù)。因此，在實(shí)際應(yīng)用時(shí)，需要根據(jù)具體的實(shí)驗(yàn)?zāi)康倪M(jìn)行選擇，如果想獲取盡可能多的代謝物的信息，可以選擇非靶向代謝組學(xué)的方法；如果想得到特定代謝物的絕對定性和定量的數(shù)據(jù)，適合選擇靶向代謝組學(xué)的方法。