五月天青色头像情侣网名,国产亚洲av片在线观看18女人,黑人巨茎大战俄罗斯美女,扒下她的小内裤打屁股

歡迎光臨散文網 會員登陸 & 注冊

【R語言】KO富集分析

2023-03-12 22:30 作者:生信交流平臺  | 我要投稿

? ? 前面小編給大家整理匯總了目前生信交流平臺上發(fā)布過的所有與GO和KEGG富集分析相關的微信文章。

?【推文匯總】GO和KEGG富集分析及可視化
今天我們繼續(xù)來聊功能富集分析,KO富集分析。KO是KEGG ontology的縮寫。KO數(shù)據(jù)庫(https://www.genome.jp/kegg/ko.html)中的每一條記錄用一個唯一的KO號進行標識。例如ko05200代表的是pathway in cancerhttps://www.genome.jp/pathway/ko05200

看上去是不是跟人的pathway in cancer很相似,KO通路里面的每一個節(jié)點用一個唯一的K開頭的ID號來標識,表示一個蛋白。


KO數(shù)據(jù)庫基于同源基因具有相似功能的假設,把基因的功能進行了擴充。對于某個物種中功能研究的很清楚的基因,在不同的物種間搜尋該基因的同源基因,將這些同源基因定義為一個orthology, 用該基因的功能作為該orthology 的功能。這樣就將對于不同物種基因功能的研究都利用起來,提供了一個全面的研究基因功能的數(shù)據(jù)庫。


那么如果我們手上有一個K開頭ID的列表,怎么對其進行富集分析,找到顯著富集的通路呢?其實還是很簡單的,還是用前面KEGG富集分析用到的clusterProfiler包進行分析

??KEGG富集分析—柱形圖,氣泡圖,通路圖

??【R語言】circleplot展示KEGG富集分析結果

??R繪制KEGG富集弦圖

?【R】氣泡圖和柱形圖展示挑選的KEGG通路

富集分析結果表

富集分析柱形圖

富集分析氣泡圖


后臺回復"KO"獲取KO_list.csv文件


【R語言】KO富集分析的評論 (共 條)

分享到微博請遵守國家法律
龙岩市| 白沙| 岢岚县| 涞源县| 沈阳市| 霍林郭勒市| 陵川县| 扎兰屯市| 博野县| 马公市| 澄江县| 威远县| 莒南县| 民勤县| 攀枝花市| 无棣县| 阜宁县| 余江县| 伊川县| 呼伦贝尔市| 红安县| 巴彦县| 太仓市| 梅河口市| 农安县| 察隅县| 龙口市| 临海市| 瑞安市| 佳木斯市| 彝良县| 延吉市| 博乐市| 屏南县| 乌兰察布市| 宜章县| 同德县| 五寨县| 菏泽市| 云和县| 沙湾县|