是你還在腫瘤生信圈里感嘆生信不好發(fā)文嗎？

何不嘗試換個(gè)方向走呢？

條條大路通羅馬，腫瘤圈里太擁擠，小云建議您到“非腫瘤疾病”中看看

就像五一那些大景點(diǎn)到處都是人擠人，我們都想找些冷門景點(diǎn)，好好地享受假期，欣賞美景。生信也是一樣，有些關(guān)注度比較高的疾病，生信文章一般都滿天飛了，除非你創(chuàng)新性特別強(qiáng)，或者加了很多實(shí)驗(yàn)，老套路生信確實(shí)發(fā)表難度增加了。但對(duì)于一些冷門的疾病，尤其是了冷門非腫瘤疾病，生信文章寥寥無幾，這就到了該你發(fā)揮的好時(shí)機(jī)了，直接用最簡(jiǎn)單的套路就能發(fā)個(gè)不錯(cuò)的文章~?~

看到這有些小伙伴可能會(huì)發(fā)問：冷門疾病的公共數(shù)據(jù)少怎么辦？小云建議優(yōu)先找臨床樣本數(shù)據(jù)（ps：能找多少算多少，小眾疾病即使1個(gè)數(shù)據(jù)集也能發(fā)文），沒有臨床樣本數(shù)據(jù)也可以考慮用動(dòng)物模型數(shù)據(jù)，做成生物標(biāo)志物篩選文章?？傊?，選對(duì)了小眾疾病，發(fā)文事半功倍！?下面小云就用一篇只用了1個(gè)數(shù)據(jù)集就發(fā)到6分+的純生信文章展示一下，看看作者如何只靠最基礎(chǔ)的診斷模型構(gòu)建模式，50天就喜提SCI的！

l?題目：識(shí)別與復(fù)雜區(qū)域疼痛綜合征相關(guān)的潛在炎癥相關(guān)基因和關(guān)鍵通路

l?雜志：Biomolecules

l?影響因子：IF=6.064

l?發(fā)表時(shí)間：2023年4月

研究背景

復(fù)雜區(qū)域疼痛綜合征(CRPS)是一種創(chuàng)傷或神經(jīng)損傷后影響四肢的慢性致殘性疼痛，沒有明確的治療方法，并且介導(dǎo)CRPS的機(jī)制尚未完全闡明。因此，作者進(jìn)行了生物信息學(xué)分析，以確定中樞基因和關(guān)鍵途徑，從而確定更有效治療CRPS的策略。

數(shù)據(jù)來源

研究思路

首先篩選GSE47063數(shù)據(jù)集中的差異表達(dá)基因(DEG )，并對(duì)37個(gè)DEGs進(jìn)行了GO和KEGG富集分析。隨后基于DEGs建立PPI網(wǎng)絡(luò)，篩選hub基因，然后，根據(jù)各個(gè)hub基因的得分，利用R軟件繪制列線圖模型，預(yù)測(cè)CRPS發(fā)生率。此外，利用GSEA分析篩選CRPS相關(guān)的潛在生物途徑。

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主要結(jié)果

1. CRPS相關(guān)差異基因的鑒定和富集分析

首先在GSE47603數(shù)據(jù)集中分析CPRS和對(duì)照組間的差異基因，通過GEO2R工具共獲得37個(gè)DEGs（圖1A,?C）。然后對(duì)37個(gè)DEGs進(jìn)行了GO功能注釋和KEGG途徑富集分析，發(fā)現(xiàn)DEGs主要涉及抗原加工、T細(xì)胞活化、整合素介導(dǎo)的信號(hào)通路和炎癥反應(yīng)等生物過程（圖1D），細(xì)胞因子受體相互作用、人類T細(xì)胞白血病病毒1型感染和造血細(xì)胞譜系等途徑（圖1E）。最后使用Metascape進(jìn)行可視化分析（圖1F），發(fā)現(xiàn)免疫系統(tǒng)中的細(xì)胞因子信號(hào)、白細(xì)胞遷移、整合素介導(dǎo)的信號(hào)通路、髓細(xì)胞分化、細(xì)胞活化等途徑與CRPS密切相關(guān)。

圖1?CRPS相關(guān)差異基因的鑒定和富集分析

2. PPI網(wǎng)絡(luò)分析和列線圖構(gòu)建

基于37個(gè)DEGs進(jìn)行PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建（圖2A），并使用cytoHubba篩選得到5個(gè)hub基因（包括MMP9，PTGS2，CXCL8，OSM，TLN1）（圖2B）。隨后作者將PPI網(wǎng)絡(luò)與表達(dá)譜、表型和其他分子狀態(tài)進(jìn)行可視化整合，通過PPI網(wǎng)絡(luò)分析了CRPS的潛在機(jī)制（圖2C）。然后，作者將每個(gè)hub基因的表達(dá)分?jǐn)?shù)轉(zhuǎn)換成二元變量，利用R包繪制了預(yù)測(cè)CRPS發(fā)生率的列線圖（圖3A），并使用DynNom軟件包繪制了動(dòng)態(tài)列線圖（圖3B）。為了進(jìn)一步研究與CRPS相關(guān)的生物過程富集的潛在途徑，作者進(jìn)行了GSEA富集分析，篩選出了一個(gè)顯著富集途徑：受炎癥影響的補(bǔ)體和凝血級(jí)聯(lián)系統(tǒng)（圖4）。（ps：列線圖繪制也可以用小云新開發(fā)的零代碼生信分析小工具實(shí)現(xiàn)，云生信分析工具平臺(tái)包含超多零代碼小工具，上傳數(shù)據(jù)一鍵出圖，感興趣的小伙伴歡迎來參觀喲，網(wǎng)址：http://www.biocloudservice.com/home.html）。?

圖2 PPI網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和hub基因篩選

圖3?列線圖的構(gòu)建

文章小結(jié)

看完這篇文章是不是也覺得這個(gè)分析內(nèi)容簡(jiǎn)單到不能再簡(jiǎn)單了？那就是這么簡(jiǎn)單的套路，只用了50天就發(fā)了6分+的純生信文章，最大的原因就是選了一個(gè)小眾冷門的疾病，所以直接就達(dá)到了事半功倍的效果！如果你的目標(biāo)是發(fā)文，并不局限于某一疾病方向，那就可以考慮下這條快捷路徑；或者如果有關(guān)注的疾病，也可以選擇大疾病下的小分支來進(jìn)行分析，主動(dòng)降低發(fā)文競(jìng)爭(zhēng)壓力。了解了秘訣的小伙伴們，快去實(shí)踐一下吧！