COSMOlogic——快速學(xué)習(xí)化合物的計(jì)算

COSMOtherm計(jì)算需要篩選參與該過程的分子的電荷分布有問題的系統(tǒng)。屏蔽電荷分布可以從屏蔽電荷表面上獲得在量子化學(xué)宇宙計(jì)算中計(jì)算的分子。宇宙的結(jié)果計(jì)算存儲在擴(kuò)展名為COSMO的文件中。cosmo或。ccf。
為了在COSMOtherm中使用,COSMO文件必須在一個量子化學(xué)級別上生成,以便這是一個宇宙熱參數(shù)化。對于標(biāo)準(zhǔn)化學(xué)和工程熱力學(xué)的應(yīng)用,我們建議使用TZVP或者TZVPD-FINE水平。這兩個水平都基于DFT計(jì)算得到的分子結(jié)構(gòu),但TZVPD-FINE水平涉及使用TZVPD基組的額外QM能量計(jì)算。通常地TZVP級別的COSMOtherm計(jì)算速度更快,而TZVPD-FINE級別的計(jì)算速度稍好后果取決于所涉及的化合物數(shù)量、可用的計(jì)算機(jī)電源以及如果需要精度,其他級別可以更好地用于其他目的。COSMOtherm從化合物的COSMO文件中讀取化合物信息并進(jìn)行轉(zhuǎn)換將屏蔽電荷表面轉(zhuǎn)化為屏蔽電荷分布,稱為σ-輪廓有關(guān)分子結(jié)構(gòu)通常是不需要的,因此被丟棄。
因?yàn)?/span>σ-根據(jù)分子結(jié)構(gòu)的不同,一種化合物的構(gòu)象輪廓可能不同,合規(guī)者必須單獨(dú)計(jì)算。如果一種化合物中存在多個構(gòu)象的COSMO文件,它們將結(jié)合成一種化合物。有關(guān)COSMO計(jì)算中的構(gòu)象選擇和Cosmotherm中的構(gòu)象處理的詳細(xì)信息,請參閱第5.3節(jié)“啟動”,Cosmothermx workplace窗口中有兩個選項(xiàng)卡:化合物和屬性可從化合物選項(xiàng)卡中選擇化合物。有兩種方法可以做到這一點(diǎn):

從其中一個數(shù)據(jù)庫中,選擇所需的級別,然后從計(jì)算機(jī)系統(tǒng)上的目錄中單擊“從數(shù)據(jù)庫”按鈕,單擊“從文件”按鈕否從其中一個數(shù)據(jù)庫中選擇化合物,選擇一個級別,例如TZVP,然后打開包含所有可用化合物的數(shù)據(jù)庫?!皵?shù)據(jù)庫”對話框有幾個功能默認(rèn)情況下,將列出所選級別的所有嵌入式數(shù)據(jù)庫中的化合物。可以使用相應(yīng)的復(fù)選框選擇或取消選擇數(shù)據(jù)庫。通過選中第一列中的復(fù)選框,將鼠標(biāo)懸停在數(shù)據(jù)庫directoCompounds的位置上,以供選擇。當(dāng)按下ADDSELECTION to Composite LIST或ADD SELECTION&CLOSE(添加選擇和關(guān)閉)按鈕時(shí),所有標(biāo)記化合物將被轉(zhuǎn)移到主窗口中的Composite部分。雙擊化合物也會將化合物轉(zhuǎn)移到Composite部分窗口單擊列標(biāo)題會根據(jù)該列對數(shù)據(jù)庫進(jìn)行排序。默認(rèn)情況下,將選擇化合物的所有符合項(xiàng)。如果取消選中“使用所有一致性”復(fù)選框,則只有能量最低的一致性才會轉(zhuǎn)移到化合物部分n。如果需要能量最低的一致性以外的特定一致性,則第一個完整的一致性集合。關(guān)閉數(shù)據(jù)庫對話框,突出顯示復(fù)合部分中的符合項(xiàng)集。使用鼠標(biāo)右鍵打開復(fù)合上下文菜單,然后選擇Decompose CONFORMER SET。然后從復(fù)合區(qū)B中刪除不需要的符合項(xiàng),點(diǎn)亮它們并按下可搜索數(shù)據(jù)庫表的鍵。輸入搜索字符串(姓名、公式、Cas號碼、微笑代碼),然后按Asiarch或search smiles處理搜索。
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要從目錄樹中的某個位置選擇化合物,請單擊文件管理器按鈕。轉(zhuǎn)到所需化合物的COSMO文件所在的目錄,并突出顯示這些文件。幾個在單擊文件名的同時(shí)按住Ctrl或Shift鍵,可以突出顯示文件。要將突出顯示的COSMO文件傳輸?shù)綇?fù)合區(qū),請按文件管理器窗口左側(cè)的選擇按鈕。如果無法從COSMO文件中識別參數(shù)化,您將被要求選擇適合所選文件的參數(shù)化。確保使用了一個四參數(shù)化,即與量子化學(xué)宇宙計(jì)算中使用的DFT泛函和基集相對應(yīng)的一個。所選化合物在化合物部分列出。有關(guān)化合物列表其他選項(xiàng)的詳細(xì)信息,請參閱第5章
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文件可以通過保持“r”或“Shift”來突出顯示“在單擊文件名時(shí)按下。若要將突出顯示的COSMO文件轉(zhuǎn)換到復(fù)合區(qū),請按文件管理器窗口左側(cè)的選擇按鈕。如果無法從COSMO文件中識別參數(shù)化,則需要選擇一個參數(shù)化以適合所選文件。請確保使用一個適當(dāng)?shù)膮?shù)化,即對應(yīng)的參數(shù)化?!备鶕?jù)量子化學(xué)宇宙計(jì)算中使用的DFT泛函和基集,選擇的化合物在化合物部分列出。有關(guān)化合物列表其他選項(xiàng)的詳細(xì)信息,請參閱第5章
