分子篩是一種包含有精確和單一的微小孔洞的材料，可用于吸附氣體或液體。分子篩HPLC，又稱為體積排阻色譜(size exclusion chromatograghy, SEC)，小分子量的化合物進(jìn)入凝膠孔中，滯留時間長；大分子量的化合物不能進(jìn)入孔中，會更早的被洗脫下來。分子篩色譜的優(yōu)勢在于能夠處理至少1nmol的目的蛋白，并得到很好的分離效果，分離時間也很短，一般在3個小時以內(nèi)，同時獲得的層析分離峰也更小。

SEC進(jìn)行蛋白純化的優(yōu)點(diǎn)：

1, 可進(jìn)行緩沖液交換和脫鹽。

2, 可分離其他純化技術(shù)難以分離的相似品種（如蛋白片段和低聚物）。

3, 可與多種溶劑相容。

4, 不依賴于蛋白質(zhì)的任何一種特殊形式進(jìn)行保留和洗脫。

SEC進(jìn)行蛋白純化的缺點(diǎn):

1, 分離效果嚴(yán)重依賴柱子的填裝效果。

2, 蛋白質(zhì)與介質(zhì)間有非特異性相互作用，會降低分辨率。

3, 對復(fù)雜的蛋白質(zhì)混合物分辨率低。

4, 為保證足夠的分辨率，上樣量必須較小。這對沉淀得到的高濃度蛋白質(zhì)是一個問題。

根據(jù)流動相和固定相相對極性不同，液相色譜分為正相色譜和反相色譜。流動相極性大于固定相極性的情況，稱為反相色譜。反向色譜具有分辨率高和重復(fù)性好的特點(diǎn)，使它在蛋白質(zhì)及多肽分析領(lǐng)域占據(jù)核心地位。對于分子結(jié)構(gòu)比較簡單的多肽和某些蛋白質(zhì)，用RPLC進(jìn)行純化制備是一項(xiàng)高效的手段。反相色譜HPLC主要用于分子量<20,000 Da的小分子量蛋白及蛋白質(zhì)片段分離。